イントラレーシックの手術を行う際はフラップを作る前に、目薬の麻酔をします。麻酔は15秒ほどで効果が現れ、その後、開瞼器を装着して眼が閉じないように瞼を開けてから、角膜リングを装着して角膜を吸引して固定します。 その際、吸い込まれるような感じから、人によっては緊張から軽い痛みを感じる方がおられます。しかし、すぐに慣れますので、痛みで治療ができなくなったという例はありません。

その後、PIという器具を角膜リングに挿入して固定し、PIのガラス面からイントラレーザーを20秒ほど照射しますが、痛みは全くありません。
次に、フラップ面が透明になるのを待ってから、開瞼器を装着してフラップをめくった後、エキシマレーザーを照射しますが、そのときも痛みは全くありません。 こうした全ての行程を合わせても治療時間は15分ほどしかかかりません。 その後、フラップが安定するまで2時間ほど眼を閉じて待ちますが、そのとき、人によっては涙が多く出たり、異物感を感じる場合もありますが、痛いということはありません。